外泌体非编码RNA数据库——exoRBase
栏目:最新研究动态 发布时间:2020-10-20
外泌体和非编码RNA都是当下热门的研究领域,并且非编码RNA广泛存在与外泌体,也可以通过外泌体发挥生物学功能...

    外泌体和非编码RNA都是当下热门的研究领域,并且非编码RNA广泛存在与外泌体,也可以通过外泌体发挥生物学功能。外泌体是由细胞分泌的一种直径在30-150nm之间的囊泡,含有不同种类的RNA,可以调节受体细胞的行为,并且可以作为疾病的循环生物标记物,在血液,唾液,尿液等多种体液中都广泛存在。

    今天我们介绍一个人类血液外泌体circRNA、lncRNAmRNA的数据库exoRBase(http://www.exorbase.org/)。该数据库收集了七个实验的92个RNAseq样品信息,共有58330个circRNA15501lncRNA18333个mRNA。数据库收录的样本包括健康对照者32例,冠状动脉心脏疾病(CHD)6例,结肠癌(CRC)12例,肝细胞癌(HCC)21例,胰腺腺癌(PAAD)14例,乳腺癌2例。该数据相关文章发表在Nucleic Acids Research(IF=11.501)期刊上。

    打开数据库网站会出现一个简洁的页面,有一个搜索框,还有其他模块浏览,下载,搜索等。

    我们试着搜索一下,搜索KARS,会出现基因的信息,包括基因类型,相关circRNA,表达丰度,组织特异性,样本类型等。还会根据疾病组织表达情况绘制折线图,热图或者箱型图。

    相关circRNA点击后会出现如下信息,包括基因组位置,表达丰度,样本信息,在疾病中表达情况。也根据疾病组织表达情况绘制折线图,热图或者箱型图。

    浏览模块分为两部分,一部分是circRNA,另一部分是lncRNA和mRNA。我们以HCC为例检索先关circRNA表达。

    lncRNA与mRNA浏览界面与circRNA相似。

    该数据库还提供数据下载,有需要的可以自行下载。

    今天就到这,下回带大家看点别的。

 


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