如何使用GEPIA分析基因与癌症生存率的相关性
栏目:最新研究动态 发布时间:2021-01-08
GEPIA是目前我国在利用TCGA数据做可视化分析上,比较著名的一款在线工具。GEPIA是一个网络服务器,使用标准处理管道分析来自TCGA和GTEx

GEPIA是目前我国在利用TCGA数据做可视化分析上,比较著名的一款在线工具。GEPIA是一个网络服务器,使用标准处理管道分析来自TCGA和GTEx项目的9,736个肿瘤和8,587个正常样品的RNA测序表达数据。因其简洁有效具有良好的操作性,不少生信分析科研文章的文章里figure都来自GEPIA。

现在我们以“LAYN基因与乳腺癌生存率的相关性分析”为例,来演示Prognoscan的使用方法:


1.
首先打开GEPIA地址(http://gepia.cancer-pku.cn/),选择“Multiple Gene Analysis”→“Correlation Analysis”



2.
填写X轴和Y轴基因(这里我们都写成LAYN基因,作为演示)→“Correlation Coefficient”选择“Spearman”→把TCGA的Tumor和Normal中的癌症类型依次add到右边的“Used Expression Datasets”中



3.
点击“Plot”成图


今天的分享就到这里啦,希望能帮到苦心科研的你,我们下次再见!


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